اعمال مدیریت صحیح برمصرف اعتبارات هزینه‌ای ،اختصاصی ،تملک دارایی‌های سرمایه‌ای وسایرمنابع مالی ، با نرم‌افزارکنترل بودجه  وتامین اعتبار پویاحساب ساده می شود. هم‌چنین،کنترل مصرف اعتبارات به ‌سوی اهداف تعیین شده وپیش‌گیری از فزونی هزینه وسایر پرداخت‌ها براعتبارات مصوب تخصیص یافته درتمام سطوح طبقه‌بندی قانونی به‌راحتی قابل اعمال است. سیستم کنترل بودجه وتامین اعتبار براساس ویژگی‌‌‌های محیطی وزارت بهداشت ، درمان  و آموزش پزشکی به‌گونه‌ای طراحی شده است که ضمن تامین اهداف کلیدی خود ، شرایط لازم  را  برای رهگیری اعتبارات تامین شده و اعمال مدیریت صحیح بر آن‌ها فراهم آورد. در این سیستم اطلاعات بودجه‌ای به تفکیک ابلاغ بودجه ، موافقت‌نامه ، تخصیص اعتبار و درخواست وجه ، ابلاغ بودجه به واحدها ،تامین اعتبار و پرداخت وجه ،قابل ثبت وگزارش‌گیری است  وکنترل‌های هزینه نسبت  به  بودجه مصوب ،تخصیص اعتبار و وجوه دریافتی انجام میشوند. هم‌چنین ،امکان گزارش‌گیری به تفکیک منابع و مصارف بودجه به تفکیک تمام فعالیت‌های بودجه‌ای و مالی سازمان فراهم شده است.